Sjukdom ska botas och hälsa förbättras med vetenskapliga metoder men folktron att "lika botar lika" lever kvar. Till exempel ska den som har stela leder smörja in sig med en olja gjord på daggmaskar. Då tror man att maskens rörlighet och mjukhet överförs till den sjuke.
Kunderna betjänas vid disken i rummet innanför entrén i den så kallade officinen. Vid recepturen, arbetsplatsen mitt i rummet, görs den slutliga blandningen av medicinerna. Det förberedande arbetet med tillredning av droger, tinkturer, salvor, pulver och piller sker i de inre rummen – laboratoriet och materialkammaren.
Pressar, mortlar, destilleringsapparater och vågar fyller laboratoriet. Där finns också den stora ugnen med sitt sandbad. För att destillera mindre kvantiteter vätska ställs destillationskärlen i den varma sanden, olika djupt allt efter hur mycket man vill värma upp vätskan.
Inredningen i Skansens Apotek kommer i huvudsak från Drottningholms slottsapotek utanför Stockholm samt från kemisten Carl Wilhelm Scheeles apotek i Köping, båda från andra hälften av 1700-talet.